Isso pode ser feito, na ECD, por meio do preenchimento do registro I157 (transferência de plano de contas) no segundo arquivo da ECD, conforme instruções do Manual de Orientação do Leiaute da ECD.
Se isso não ocorrer, a ECF recuperará somente os dados do segundo arquivo e os ajustes necessários deverão ser realizados na própria ECF ou na ECD, por meio de substituição.
Fonte: Blog Guia Contábil